วัดปากน้ำภาษีเจริญ เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ตั้งอยู่ ณที่ราบลุ่มบางกอก ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำเจ้าพระยา ตั้งอยู่ริม คลองบางหลวงหรือ คลองบางกอกใหญ่ อันเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาเดิม ก่อนที่จะมีการขุดคลองลัดหน้าวัดอรุณราชวรารามและกลายเป็น ลำแม่น้ำเจ้าพระยาในปัจจุบันเนื่องจากวัดตั้งอยู่บริเวณปากคลองด่านที่แยก ไปจากคลองบางหลวงอีกทีหนึ่ง ชื่อของวัดจึงถูกเรียกขาน ตามตำบลที่ตั้งว่า วัดปากน้ำ ซึ่งชื่อนี้มีปรากฏเรียกใช้ในจดหมายเหตุโบราณ หลายฉบับ แต่ได้พบชื่อของวัดที่แปลกออกไปในแผนที่กรุงเทพฯ พ.ศ. 2453 และ พ.ศ. 2474 ว่า วัดสมุทธาราม แต่ไม่เป็นที่นิยมเรียกขานกันอย่างนั้น คงเรียกว่า วัดปากน้ำ มาโดยตลอดในสมัยรัชกาลที่ 4 ได้มีการขุดคลองภาษีเจริญที่ข้างวัดด้านทิศตะวันตก วัดจึงมีลำน้ำหลักล้อมอยู่ทั้ง 3 ด้าน ส่วนด้านใต้เป็นคลองเล็กแสดงอาณาเขต ของวัดในสมัยก่อน วัดปากน้ำ เป็นวัดโบราณสร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง ( ระหว่าง พ.ศ. 2031-2172) สถาปนาโดยพระราชวงศ์ในสมัยกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏพระนามแน่ชัด เป็นวัดประจำหัวเมืองธนบุรี ปรากฏในตำนาน เรื่องวัตถุสถานต่างๆซึ่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนาว่า เป็นพระอารามหลวงครั้งกรุงศรีอยุธยาอันหมายถึงพระอารามที่พระเจ้าแผ่นดิน หรือพระมเหสีทรงสถาปนาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยานั้นหลักฐานทางโบราณวัตถุ และโบราณสถานภายในวัดมีอายุย้อนไปถึงสมัยอยุธยาตอนกลาง ได้พบร่องรอยคลองเล็กด้านทิศใต้และทิศตะวันตกของวัด ที่โบราณขุดไว้ เป็นแนวเขตที่ดินของวัดหลวงสมัยอยุธยาที่ตั้งของวัดปากน้ำจึงมีลักษณะ เป็นเกาะรูปสี่เหลี่ยมมีน้ำล้อมอยู่ทุกด้าน สถาปัตยกรรมและศิลปะวัตถุที่อยู่ คู่วัดมาเช่น หอพระไตรปิฏก ตู้พระไตรปิฎกทรงบุษบก ล้วนเป็นฝีมือช่างหลวง สมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช และตัวพระอุโบสถก็ใช้เทคนิคการก่อสร้างใน สมัยนั้น ได้ค้นพบนามเจ้าอาวาส 1 รูป ในสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวพระที่นั่ง สุริยาสน์อมรินทร์ (พระเจ้าเอกทัศ) คือ พระครูธนะราชมุนีวัดปากน้ำ ได้มีบทบาทสำคัญมาแต่โบราณเพราะได้รับสถาปนาเป็นพระอารามหลวงที่อยู่ นอกกรุงศรีอยุธยา เป็นวัดสำคัญประจำหัวเมืองหน้าด่านทางทะเล
ในจดหมายเหตุสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ได้เสด็จพระราชดำเนินทางชลมารคถวายผ้าพระกฐินหลวง ณ วัดปากน้ำ ตลอดรัชกาลวัดปากน้ำได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์มาโดยตลอด คือ ได้รับพระราชทานพระราชทรัพย์จากสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชใน การซ่อมหลังคาพระอุโบสถคราวหนึ่ง ต่อมาพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3ได้บูรณะปฏิสังขรณ์ใหญ่ในตอนต้นกรุงรัตนโกสินทร์และ ให้คงรูปแบบสถาปัตยกรรมสมัยกรุงศรีอยุธยาไว้ครั้นถึงรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5ทางวัดได้รับพระบรมราชานุญาต บูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่เกือบทั้งอารามโดยให้อนุรักษ์ศิลปะเดิมไว้ และ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบรมวงศานุวงศ์นำพระกฐินหลวงมา ถวายตลอดรัชกาล ในสมัยรัชกาลที่ 6 วัดปากน้ำได้ชำรุดทรุดโทรมลง ไม่มีเจ้าอาวาสประจำพระอาราม มีแต่ผู้รักษาการที่อยู่ในอารามอื่น ทางเจ้าคณะปกครองได้ส่งพระสมุห์สด จันทสโร จาก วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ซึ่งท่านได้กวดขันพระภิกษุสามเณรให้ปฏิบัติ ในพระธรรมวินัยอย่างเคร่งครัด ที่สำคัญได้มีการสอนสมถวิปัสสนากัมมัฏฐาน ส่งเสริมการศึกษาพระปริยัติธรรมตั้งสำนักเรียนทั้งนักธรรมและบาลี สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมที่ทันสมัยที่สุดในสมัยนั้น ทำให้พระภิกษุสามเณร และสาธุชนเข้ามาขอศึกษาและปฏิบัติธรรมเป็นจำนวนมาก วัดจึงเจริญขึ้นมา โดยลำดับ กลายเป็นศูนย์กลางการปฏิบัติธรรม และเป็นศูนย์กลางการศึกษาบาลี ท่านได้รับพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯ ตั้งสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะฝ่ายวิปัสสนาธุระ และได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์มาโดยลำดับ สมณศักดิ์สุดท้ายใน พระราชทินนามที่ พระมงคลเทพมุนี แต่ผู้คนทั่วไปรู้จัก และเอ่ยขานนาม ท่านว่า หลวงพ่อวัดปากน้ำ ในสมัยสมเด็จพระวันรัต (ปุ่น ปุณณสิริ) ดำรงตำแหน่งรักษาการเจ้าอาวาส วัดปากน้ำได้รับการปรับปรุงทัศนียภาพ และบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งสำคัญ เช่น พระอุโบสถ พระวิหาร ช่างได้เปลี่ยนสถาปัตยกรรมเครื่องบนเป็นศิลปะสมัยรัตนโกสินทร์เกือบทั้งอาราม แต่ตัวรากฐานและอาคารยังคงเป็นของโบราณแต่เดิมมา
ถึงสมัยเจ้าพระคุณสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ( ช่วง วรปุญโญ ป.ธ. 9) เจ้าอาวาสวัดปากน้ำรูปปัจจุบัน วัดปากน้ำได้พัฒนาอย่างมากในด้านการ ศึกษาพระปริยัติธรรม มีพระภิกษุสามเณรสอบได้เปรียญธรรม 9 ประโยค ในนามวัดปากน้ำเป็นจำนวนมากและการปฏิบัติภาวนาตามแนวหลวงพ่อ วัดปากน้ำก็ได้รับการส่งเสริมสนับสนุนให้มีสถานที่ปฏิบัติ คือ หอเจริญวิปัสสนาเป็นเอกเทศ และมีผู้เข้าปฏิบัติเป็นจำนวนมากทุกวัน
